In quella sede rimase fino alla sua traslazione a Castelsardo, avvenuta nel 1562.

Nei secoli però la giurisdizione ecclesiastica del territorio di Flumen venne confusa con quella di Impùriu che ne divenne, di fatto, una denominazione alternativa.

L'identificazione esatta del luogo dov'era localizzato l'abitato di Impùriu, Empuria o Ampurias è in realtà molto complessa. La tradizione suole farla coincidere con l'area dell'estuario del Coghinas.
Il toponimo suggerisce l'esistenza di un centro denominato Emporia presso la foce del fiume, nome dovuto alla presenza di un emporio che sembra indicasse un approdo marino.

L'unico sito riparato, che poteva consentire ad alcuni tipi di barche di ancorare è il profondo stagno formato dal fiume Coghinas prima dell'estuario. Esistono inoltre atti notarili corsi che parlano di Ampulia come del porto più attivo della Sardegna settentrionale.

Nel 1321 Impùriu o Ampurias era un centro ormai deserto, con l'unica testimonianza della chiesetta di S.Pietro a Mare. I suoi territori furono inglobati nel villaggio di Coghinas, la cui area forma oggi il comune di Valledoria.